Вы передаете одну строку, в которой вы должны передавать список строк.
subprocess.run([program,'-force-gfx-jobs', 'native',
'-token='+PHPSESSID, '-config={"BackendURL":"https://prod.app.com","Version","live"}'])
Я не думаю, что отображаемые обратные косые черты являются проблемой; они просто для устранения неоднозначности (но это Windows, так что я, вероятно, недооцениваю количество безумия).