Я знаю, что этот вопрос немного устарел, но для тех, кто просматривает его позже, вы можете переопределить несколько классов JDOM по умолчанию, чтобы эффективно игнорировать пространства имен. Вы можете передать свою собственную реализацию JDOMFactory в SAXBuilder, который игнорирует все значения пространства имен, переданные в него.
Затем переопределите класс SAXBuilder и реализуйте метод createContentHandler, чтобы он возвращал SAXHandler с пустым определением для метода startPrefixMapping.
Я не использовал это в производственных условиях, так что будьте бдительны, но я убедился, что он работает на некоторых быстрых и грязных XML-материалах, которые я сделал.