Если вы поделитесь своим запросом, я думаю, мы могли бы дать более точные ответы.
Возможно, на ваш вопрос уже дан ответ здесь .
Во-первых, вы должны использовать одно подключение из любой базы данных. Я бы предпочел подключиться к базе данных A, если она содержит ссылки на базу данных B и для меня имеет смысл запрашивать данные соединения из B.
Как указано в ссылке, необходимо, чтобы у пользователя были привилегии для выполнения запроса.
Наконец, нужно просто написать свой запрос, как описано здесь - в виде строки - и передать его как параметр в запрос mysqli .