Я проверяю в директории источника и каталоге бинарных файлов; ничего больше. Я настроил свой проект Flex Builder на использование связанного каталога в качестве основного источника; который сохраняет код и репозиторий независимыми от каких-либо настроек проекта.
Я знаю людей, которые проверяют все файлы проекта. Это позволяет относительно легко проверить и затем настроить новый проект; так как вы можете очень легко импортировать папку проекта в Flex Builder.
Хотя я не могу сказать, что одно лучше другого. Это зависит от того, что вы хотите сделать.