При запуске pintool он выполняет приложение / команду как обычно, а не что-либо с ними делать.
Например, pin -ifeellucky -t pintool -- /bin/ls выполняет ls, а не запускает на нем утилиту.
pin -ifeellucky -t pintool -- /bin/ls
ls
Я использую флаг -ifeellucky.