Файл xd.lck
никогда не удаляется, он заблокирован Средой, которой разрешена запись. Подробности реализации см. В LockingManager .
Если одна среда находится в режиме записи, можно открыть другую (и несколько таких) в режиме прослушивания только для чтения для того же физического database:
final EnvironmentConfig config = new EnvironmentConfig().
setLogDataReaderWriterProvider("jetbrains.exodus.io.WatchingFileDataReaderWriterProvider");
final Environment env = Environments.newInstance(dir, config);
Этот способ открытия Environment можно использовать в той же или другой JVM.