Когда я столкнулся с подобной проблемой во время моей диссертации, я обнаружил, что решение, которое лучше всего сработало для меня, - это использовать axes напрямую, а не подзаголовки, и указать position. Некоторая ручная настройка может быть неизбежна вначале, но, как правило, она довольно проста и может быть легко автоматизирована для предсказуемого размещения графиков, особенно если размер рисунка также предварительно задан.
Теоретически подсюжеты и независимые оси должны вести себя более или менее одинаково; большая разница в том, что в случае перекрытия, subplot удаляет перекрывающийся график, тогда как оси успешно перекрываются. Это может включать в себя «невидимые» перекрытия. всегда удавалось получить желаемые результаты напрямую с помощью 'position', поэтому мне это никогда не требовалось.
Я также обнаружил, что часто при построении большего количества объектов или изменении других аспектов графика некоторые свойства осей сбрасываются , поэтому такие настройки размера лучше всего выполнять в качестве последнего шага для каждого объекта оси.