Используемый вами синтаксис был добавлен в neo4j 4.x. Он не поддерживается в более старых версиях neo4j.
В более старых версиях, которые поддерживают составные индексы, например neo4j 3.5, синтаксис для создания вашего индекса будет выглядеть следующим образом:
CREATE INDEX ON :User(id, username, email)
Примечание. Этот старый синтаксис в настоящее время все еще поддерживается в версии 4.0.4, но не рекомендуется.