Виртуальные среды необходимы только тогда, когда вы хотите работать над двумя проектами, которые используют разные версии одной и той же внешней зависимости, например, Django 1.9 и Django 1.10 и так далее. В таких ситуациях виртуальная среда может быть действительно полезной для поддержания зависимостей обоих проектов.
Если вы просто хотите, чтобы ваши скрипты использовали Python библиотеки, просто установите их в своей системе, и у вас не будет этой проблемы.