Во-первых, ничто не мешает запуску образа Alpine на хосте Ubuntu docker. Это разные файловые системы, работающие поверх одного и того же ядра Linux, и общее ядро не влияет на возможность запуска различных двоичных файлов / библиотек дистрибутива.
Из многоступенчатой части вы можете использовать все, что угодно. изображение, которое вы хотите для каждого состояния, каждое из них не зависит друг от друга. Многоступенчатость - это не способ объединения изображений, в начале второго этапа (если этот этап не является выходом первого этапа) у вас нет ничего из первого этапа в файловой системе этого второго этапа.
Проблема, с которой вы столкнетесь, заключается в том, что вы копируете файлы между этапами, которые зависят от других файлов (например, библиотек) в файловой системе. Наиболее частая проблема - это попытка запустить двоичные файлы, скомпилированные для lib c, в системе Alpine, которая использует musl.