Создайте новый фрейм данных, используя dplyr и некоторые условия в столбцах

Question

Здравствуйте, вот фрейм данных

   Groups Names COL1  COL2  COL3        COL4
1      G1   SP1    1 0.400 0.500   Sequence1
2      G1   SP1    1 0.004 0.005   Sequence2
3      G1   SP1    0 0.004 0.005   Sequence3
4      G1   SP2    0 0.400 0.005 Sequence123
5      G1   SP2    0 0.004 0.500  Sequence14
6      G1   SP3    0 0.005 0.006  Sequence15
7      G1   SP5    1 0.400 0.006  Sequence16
8      G1   SP6    1 0.008 0.002  Sequence20
10     G2   Sp1    0 0.004 0.005  Sequence17
11     G2   SP1    0 0.050 0.600  Sequence18
12     G2   SP1    0 0.400 0.600   Sequence3
13     G2   SP2    0 0.004 0.005  Sequence22
14     G2   SP2    0 0.004 0.005  Sequence23
15     G2   SP5    0 0.004 0.005  Sequence16
16     G2   SP6    0 0.003 0.002  Sequence21
17     G2   SP7    0 0.560 0.760  Sequence67

Вот dput:

dput(test_df)
structure(list(Groups = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("G1", "G2"), class = "factor"), 
    Names = structure(c(2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 4L, 5L, 6L, 1L, 2L, 
    2L, 3L, 3L, 5L, 6L, 7L), .Label = c("Sp1", "SP1", "SP2", 
    "SP3", "SP5", "SP6", "SP7"), class = "factor"), COL1 = c(1L, 
    1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L
    ), COL2 = c(0.4, 0.004, 0.004, 0.4, 0.004, 0.005, 0.4, 0.008, 
    0.004, 0.05, 0.4, 0.004, 0.004, 0.004, 0.003, 0.56), COL3 = c(0.5, 
    0.005, 0.005, 0.005, 0.5, 0.006, 0.006, 0.002, 0.005, 0.6, 
    0.6, 0.005, 0.005, 0.005, 0.002, 0.76), COL4 = structure(c(1L, 
    8L, 13L, 2L, 3L, 4L, 5L, 9L, 6L, 7L, 13L, 11L, 12L, 5L, 10L, 
    14L), .Label = c("Sequence1", "Sequence123", "Sequence14", 
    "Sequence15", "Sequence16", "Sequence17", "Sequence18", "Sequence2", 
    "Sequence20", "Sequence21", "Sequence22", "Sequence23", "Sequence3", 
    "Sequence67"), class = "factor")), class = "data.frame", row.names = c("1", 
"2", "3", "4", "5", "6", "7", "8", "10", "11", "12", "13", "14", 
"15", "16", "17"))

и из этого фрейма данных я хочу получить еще один фрейм данных, например:

    G1  G2
SP1 A   B
SP2 x   x
SP3 x   NA
SP4 NA  NA
SP5 A   X
SP6 a x
SP7 NA b

Идея состоит в том, чтобы каждая группа добавляла имена, которые присутствуют в строке, и буквы A, B, X или NA в ячейках, и верхний или нижний регистры будут зависеть от того, найдем ли мы идентификатор c COL4 значение как минимум для одного вида в других группах.

• A ставится, когда any строка для Name имеет COL1 >0 И есть хотя бы одно имя с одинаковым COL4 содержимое с тем же именем в разных группах
• a помещается, когда any строка для Name имеет COL1 >0 И нет имен, которые имеют такое же содержимое COL4, что и такое же Имя в другой группе
• B помещается, когда any строка для Name имеет COL1=0 И COL2 AND COL3 > 0.05 И есть по крайней мере одно имя с одинаковыми COL4 содержимое с тем же именем в разных группах
• b помещается, когда any строка для Name h ave a COL1=0 AND COL2 AND COL3 > 0.05 И нет имен, которые имеют такое же COL4 содержимое, что и такое же имя в разных группах
• X помещается, когда all строка для Name имеют COL1=0 И COL2``OR COL3 > 0.05 AND есть по крайней мере одно Имена, которые имеют такое же содержание COL4, что и такое же Имя в разных Группах
• x поместите, когда all строка для Name имеет COL1=0 И COL2 OR COL3 > 0.05 AND нет Имен, которые имеют такое же содержание COL4, что и такое же Имя, в разных Группах
• NA ставится, когда в Group

нет Name, давайте возьмем 4 примера:

1) Мы видим для G1-SP1 что row1 имеет COL1 > 0, тогда у него будет буква A или a в новом фрейме данных. Теперь, чтобы узнать, будет ли это A или a, мы должны взглянуть на COL4, мы видим, что в row12 Sequence3 также присутствует в G2 для SP1, поэтому это будет 'A'

2) Мы видим для G2-SP1, что row12 имеет COL2, а COL3 - > 0.05, тогда у него будет буква B или b в новом фрейме данных. И это будет B, потому что в G1, row3 Sequence3 также присутствует в G2 для SP1.

3) Мы видим для G2-SP2, что ни в одной строке нет COL1 >0X или COL2, а COL3 - > 0.05, тогда в нем будет буква B или x в новый фрейм данных. И это будет x, потому что ни один другой SP2 в другом Groups не имеет такой же Последовательности `(Sequence22, Sequence23 или Sequence24)

4) Мы видим, что для G1-SP6 row8 имеет a COL1 > 0, тогда в новом фрейме данных будет буква A или a. И это будет a, потому что ни один другой SP1 в другом Groups не имеет такой же Последовательности (Sequence20)

`

благодаря Дэну Чалтиэлю здесь: Использование dplyr для создать новый фрейм данных в зависимости от пороговых значений Я получил этот код, который не включает переменные нижнего / верхнего регистра:

test_df %>% 
  group_by(Groups, Names) %>% 
  summarise(
    x=case_when(
      any(COL1>=1, na.rm=TRUE) ~ "A",
      any(COL1==0 & (COL2>0.05 & COL3>0.05), na.rm=TRUE) ~ "B",
      any(COL1==0 & (COL2<0.05 | COL3<0.05), na.rm=TRUE) ~ "X",
      TRUE ~ NA_character_
    )
  ) %>% 
  pivot_wider(names_from = Groups, values_from = x)

с этим кодом, который я смог получить, тогда:

    G1  G2
SP1 A   B
SP2 X   X
SP3 X   NA
SP4 NA  NA
SP5 A   X
SP6 A X
SP7 NA B