Тип Console
находится в System.Console.dll
typeof (Console) .Assembly.Location -> C:\Program Files\dotnet\shared\Microsoft.NETCore.App\...\System.Console.dll
Это можно исправить с помощью используя правильные ссылки:
var runtimeDir = System.Runtime.InteropServices.RuntimeEnvironment.GetRuntimeDirectory();
var tree = SyntaxFactory.ParseSyntaxTree(code);
var compilation = CSharpCompilation.Create("HelloWorldCompiled",
options: new CSharpCompilationOptions(OutputKind.ConsoleApplication),
syntaxTrees: new[] { tree },
references: new[]
{
MetadataReference.CreateFromFile(typeof(object).Assembly.Location),
MetadataReference.CreateFromFile(Path.Combine(runtimeDir, "System.Console.dll")),
MetadataReference.CreateFromFile(Path.Combine(runtimeDir, "System.Runtime.dll"))
});