Заголовок анализируется как уценка, поэтому вы можете использовать обычный синтаксис ссылки уценки, чтобы получить желаемое поведение.
---
title: 'There is a link in this title...[LINK](#anchor)'
author: "Jason Punyon"
date: "6/16/2020"
output: html_document
---
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```
# Bibliography
<p id='anchor'>Here's where I went!</p>
Вы также можете просто вставить ссылку вручную ...
---
title: 'There is a link in this title...<a href="#anchor">LINK</a>'
author: "Jason Punyon"
date: "6/16/2020"
output: html_document
---
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```
# Bibliography
<p id='anchor'>Here's where I went!</p>