Хотя возможно подключить отладчик pycharm к удаленному контейнеру docker, гораздо проще использовать интерактивный отладчик терминала - pdb . Существует множество разновидностей pdb, если вам не нравится простая консоль
webpdb графический отладчик в браузере
pudb версия ncurses, имеет некоторые дополнительные функции, такие как постоянное перечисление вашего местоположения в коде и локальных переменных.
Я настоятельно рекомендую их проверить. Я использую pdb ежедневно для отладки кода python в локальном контейнере docker, в котором есть сложный сценарий запуска.