Поскольку в поиске elasti c нет объединений, один запрос не может проверять записи из обоих индексов. Если вы можете изменить сопоставление, вы можете найти сопоставление вложенного типа и сопоставление родитель-потомок.
Как упоминалось в вашем вопросе, вы не можете изменить сопоставление индексов. Затем вам необходимо выполнить два отдельных вызова для каждого индекса или использовать _msearch для одновременной отправки нескольких запросов.
GET _msearch
{"index":"index85"}
{"query":{"term":{"date":"2020-05-26"}},"aggs":{"count":{"value_count":{"field":"date"}}}}
{"index":"index86"}
{"query":{"term":{"date":"2020-05-26"}},"aggs":{"count":{"value_count":{"field":"date"}}}}