I wi sh, чтобы выполнить mantel.test, сравнивая матрицу географических c расстояний с матрицей bray-расстояний. Чтобы получить расстояние между лучами, я использовал функцию distance из пакета phyloseq следующим образом:
ps1.rel_bray <- phyloseq::distance(ps1.rel.water.7, method = "bray")
Теперь я также использую sh для определить мое географическое расстояние, это делается с помощью:
rd = dist(cbind(mf$Longitude, mf$Latitude))
, где mf - это обзор всех SampleID с соответствующими географическими c долготой и широтой. Проблема заключается в следующем: хотя функция distance в пакете phyloseq генерирует матрицу, которая включает все имена SampleID, это не относится к стандартной функции dist(). Я попытался добавить их вручную, используя:
ma = as.matrix(rd, dimnames=list(mf$SampleID)) colnames(ma) <- rownames(ma) <- mf[['SampleID']]
Однако теперь я не уверен, назначает ли он правильный sampleID правильным строкам / столбцам. Мне было интересно, может ли кто-нибудь, кто лучше разбирается в коде, помочь мне решить, правильный ли это подход или я потенциально назначаю неправильные имена SampleID неправильным числам в матрице.
Заранее благодарю