Если я вас правильно понял, у вас есть базовая карта, которая содержит все города, но когда вы загружаете карту в mapbox-gl- js, вы хотите отфильтровать их только по одному конкретному городу.
Вы делаете это, вызывая:
map.setFilter('my-cities-layer', ['==', ['get', 'city'], 'new york']);
Однако на самом деле нет простого способа отфильтровать все слои, чтобы включать данные только с этим тегом.