Таким образом, включайте только пользователей в filterArray. отфильтрованный массив уже работает, просто нужно применить
let filteredArray = self.array1.filter { people.key == $0 }
Вы уже сортируете по другим критериям:
self.people.sort(by: { $0.TodayCount ?? 0 > $1.TodayCount ?? 0 })
print("aaaaaaaa", self.people.map {$0.TodayCount})
self.table.reloadData()
Итак, вам нужно применить отфильтрованный массив, чтобы только пользователи перезагружены, что есть в массиве. После этого сортировка остается прежней.