Я вижу два варианта здесь. Легкий путь или трудный путь.
Самый простой способ - иметь все сборки на диске и иметь каталог модулей PRISM, который загружает их в зависимости от настроек из базы данных.
Сложный путь - поместить сборки в базу данных, а каталог модулей загрузить их оттуда. Вам нужно будет закодировать сборку, возможно, используя Base64, поместить ее в базу данных, а затем перезагрузить сборку из базы данных.
Чтобы перезагрузить сборку из записи базы данных, вы можете использовать тот же механизм, что и DirectoryModuleCatalog. Скопируйте этот класс и измените его так, чтобы он загружал сборки из потока, поступающего из БД, а не из файла из каталога.