Лучше найти последнюю ячейку. Также избегайте использования select, так как это замедляет ваш код.
Sub COUNTIF()
Dim LastRowB As Long
LastRowB = Range("B" & Rows.Count).End(xlUp).Row
Range("D2").FormulaR1C1 = "=COUNTIF(C[-3],RC[-3])>1"
Range("D2: " & "D" & LastRowB).FillDown
End Sub
Теперь измените формулу "=COUNTIF(C[-3],RC[-3])>1"
на то, что вы действительно хотите заполнить.