Я не думаю, что понимаю вашу проблему. Вы всегда можете создать несколько файлов .R и разделить код между ними, как вы sh, а также вы можете упорядочить эти файлы так, как считаете нужным в файловой системе (сгруппируйте их в одной папке с информативными именами и комментариями и т. c ...).
Что касается стороны проблемы с данными, вы можете загрузить свои данные в R, внести любые необходимые изменения / фильтры, а затем сохранить их в другой файл с одним из миллиардов функций для записи на диск: write.table () из базы, fwrite () из data.table (что может быть НАМНОГО быстрее), et c ...
Я чувствую, что мой ответ слишком очевидно. Когда вы говорите «проект», вы имеете в виду «кое-что, что мне нужно сделать» или реальные проекты, которые вы можете создать в rstudio. Если это первое, то я думаю, что уже рассказал об этом. Если это второе, мне никогда не приходилось использовать эту функцию, поэтому я не смогу помочь: (
Может быть, вы можете уточнить немного подробнее.