Это определенно странно в коде. Я добился того, чтобы он выглядел правильно в коде, настроив параметры перехода и преобразования:
header div div#menu_btn .menu_cont span {
overflow: visible;
position: absolute;
left: 0;
transition: transform 250ms ease-out; /* transform instead of all */
display: block;
height: 3px;
width: 25px;
background-color: black;
/* transform-origin: right center; */
}
header div div#menu_btn .menu_cont span.one.transition {
-webkit-transform: rotate(-45deg);
transform: rotate(-45deg);
top: 6px; /* changed */
}
header div div#menu_btn .menu_cont span.two.transition {
-webkit-transform: rotate(45deg);
transform: rotate(45deg);
bottom: 5px; /* changed */
}