Я обновил R (с 3.6 до 4.0) и RStudio (с 1.1 до 1.2.5) за несколько дней до go и Ubuntu с 18.04 до 20.04 вчера.
С тех пор R иногда никогда не завершается при выполнении определенных команд: ivreg (из пакета AER), summary (из менее git регрессии) и logitmfx (из пакета mfx). Иногда эти команды работают нормально, но в большинстве случаев мне приходится убивать процесс (killall rstudio), потому что R не прекращает выполнение, даже при нажатии красной кнопки Stop в RStudio.
Когда я пытался example('AER'), нормально заработало. Затем переустановил пакет AER. Он выдал 10 предупреждений типа In readLines(file, skipNul = TRUE) : cannot open compressed file '/usr/lib/R/site-library/[package]/DESCRIPTION', probable reason 'No such file or directory', где [package] - это abind, colorspace, dichromat ... (но не AER).
С тех пор example('AER') выдает предупреждение: no help found for ‘AER’.
Я удалил и переустановил R 4.0: не помогло. Кроме того, apt purge r-base* r-recommended r-cran-* выдавал предупреждение: dpkg: warning: while removing r-base-core, directory '/usr/lib/R/site-library' not empty so not removed. Кроме того, было множество Package [package] is not installed, so not removed, включая [package], равное r-cran-abind, и другие, перечисленные выше (этот purge также вернул группу Note, selecting [package] for glob 'r-cran-*').
Я не пробовал использовать R без RStudio. Вероятно, я работал над RStudio во время обновления до Ubuntu 20.04. Кроме того, я не могу вспомнить, возникла ли эта проблема после того, как я обновил R и RStudio (что было бы лучше всего) или после того, как я обновил Ubuntu (день или два позже).
Надеюсь, кто-то может помочь.