Поработав с ним еще немного, вот что решило мою проблему. Я использовал пакет datauri для python.
Вот пример маршрута для Flask
from datauri import DataURI
import io
from flask import Flask, send_file
@app.route('/test', methods=["GET"])
def return_file():
data_uri = "some_data_uri"
uri = DataURI(data_uri)
return send_file(io.BytesIO(uri.data), mimetype=uri.mimetype)