Когда вы добавляете новых агентов в Jenkins, это меняет основную конфигурацию jenkins.
Чтобы сохранить его состояние после перезапуска - используйте постоянный том для master.
Но если вы используете jenkins в кубернетах - добавлять агентов вручную не нужно. Просто настройте шаблоны модулей и вызывайте их по ярлыкам.