Вы должны сохранить текущее состояние сцены в переменной.
Если, например, у вас есть кнопка, которая может иметь два состояния, вы должны сохранить состояние кнопки в переменной объекта, который будет помечен как DontDestroyOnLoad, или сохранить его в файле, поэтому, когда вы снова загружаете сцену, вы должны установить сцену на основе информации вашей сохраненной переменной.
Вы также можете установить свою сцену (или объекты чем можно изменить) на DontDestroyOnLoad и измените деактивируйте их на новой сцене. Но это действительно грязно.