Насколько мне известно, не существует опции, позволяющей публиковать sh FTP прямо в Visual Studio для консольных приложений. Хотя в качестве обходного пути вы можете опубликовать sh в папке, а затем загрузить эту папку на требуемый FTP-сервер через других сторонних FTP-клиентов, таких как FTP-клиент Filezilla.