Создайте 32-битное соединение ODB C SYSTEM dsn, убедитесь, что тестовое соединение работает.
Затем запустите следующее в SQL Server Management Studio
EXEC master.dbo.sp_addlinkedserver @server = N'<somelinkname>', @srvproduct=N'MYSQL', @provider=N'MSDASQL', @datasrc=N'<32 Bit DNS Name >'
EXEC master.dbo.sp_addlinkedsrvlogin @rmtsrvname=N'<somelinkname>',@useself=N'False',@locallogin=NULL,@rmtuser=N'<mysql user>',@rmtpassword='<mysql pwd>'
GO