R: невозможно установить пакеты R из исходного кода после обновления до R 4.0 в macOS 10.15 - PullRequest
Новая
       2

R: невозможно установить пакеты R из исходного кода после обновления до R 4.0 в macOS 10.15

0 голосов
/ 06 мая 2020

Я только что обновился до R 4.0 и пытаюсь переустановить некоторые пакеты. Однако мне кажется, что теперь я не могу установить из исходного кода.

Например, при запуске install.packages("rlang") и ответе yes на запрос Do you want to install from sources the package which needs compilation? (Yes/no/cancel) я получаю следующее сообщение об ошибке: 

In file included from capture.c:1:
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include/Rinternals.h:39:11: fatal error: 'stdio.h' file
      not found
# include <stdio.h>
          ^~~~~~~~~
1 error generated.
make: *** [capture.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘rlang’

Кто-нибудь знает, как это исправить? Я знаю, что могу просто установить двоичную версию, но кажется, что это может остаться неприятной проблемой и для будущих установок пакетов, если не будет исправлено.

Большое спасибо!

Если это поможет, вот результат sessionInfo(): 

R version 4.0.0 (2020-04-24)
Platform: x86_64-apple-darwin17.0 (64-bit)
Running under: macOS Catalina 10.15.4

Matrix products: default
BLAS:   /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/lib/libRblas.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_4.0.0

1 Ответ

0 голосов
/ 06 мая 2020

Я также разместил этот вопрос на rlang GitHub, и один из разработчиков предложил следующее исправление:

  1. Создать файл ~/.R/Makevars (если его еще нет)
  2. Добавьте следующую строку в ~/.R/Makevars: 
CPPFLAGS += -isysroot /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk -I/usr/local/include

Похоже, это решило проблему для меня. Обратите внимание, что это исправление предназначено только для macOS 10.15 (Catalina) .

Более полезную информацию о наборе инструментов R для macOS можно найти здесь: https://thecoatlessprofessor.com/programming/cpp/r-compiler-tools-for-rcpp-on-macos/

...