Я бы разделил не только классы Модели, но и весь Уровень доступа к данным (DAL) в отдельную сборку, на которую вы ссылаетесь из других частей вашего приложения.
DAL будет инкапсулировать детали того, как он взаимодействует с базой данных (в данном случае это использование LINQ to SQL), и скрывать их за четко определенным интерфейсом, который имеет значение для приложения.
Кроме того, поскольку классы, сгенерированные из файла LINQ to SQL DBML, являются просто простыми старыми объектами CLR (POCO), я не вижу проблемы в их непосредственном представлении как части интерфейса вашего DAL.