Импорт наборов данных GSE в сеанс R - PullRequest
0 голосов
/ 10 июля 2020

Итак, я пытаюсь импортировать данные выражения из GSE36863 в R для анализа. Однако ничего не работало !!

Я пробовал:

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("GEOquery")
library(GEOquery)
library(Biobase)
filePaths = getGEOSuppFiles("GSE36863")
gse <- getGEO ("GSE36863")
filePaths = getGEOSuppFiles("GSM903303")
gsm <- getGEO ("GSM903303")        #/tmp/Rtmp9OHRba/GSM903303.soft 
gse36863 <- getGEO("GSE36863",GSEMatrix=TRUE)show(gse36863)
gsmplatforms <- lapply(GSMList(gse.nomatrix),function(x) {Meta(x)$platform})
gse.withmatrix <- getGEO("GSE36863", GSEMatrix = T)
gse.nomatrix   <- getGEO('GSE16560', GSEMatrix = F)
Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...