У меня работает следующее.
Я хотел бы пояснить, что наличие "."
в jinja2 может создать проблему, поэтому было бы лучше передать все имя файла с расширением в jinja2.
Использование двойных кавычек не приведет к отображению значения переменной, поэтому оно останется таким, как {{ file }}
Работает следующее:
from jinja2 import Environment, FileSystemLoader
data = '''
{% for file in files.split(",") %}
{% include file %}
{% endfor %}
'''
template = Environment(loader=FileSystemLoader("templates/")).from_string(data)
msg = template.render(files="1.txt")
print(msg)
Вывод:
1.txt