Не совсем понятно, что вы действительно хотите делать, но то, что вы описываете, вероятно, достижимо с помощью слоев Konva. Вы видите, что Konva - это оболочка для HTML5 холста, и одна из ее функций - слои, поэтому у вас есть один экземпляр Konva, который должен иметь как минимум один слой, но может иметь больше. Konva хитроумно использует отдельный HTML5 холст для каждого слоя. См. Пример здесь в документации Konva. Если вы нажмете F12, вы увидите два использованных элемента холста, а также образец кода.
Это дает большую мощность и большой потенциал управления производительностью. И все это уже встроено в Konva, поэтому вам не придется управлять несколькими экземплярами холста в собственном коде.