есть ли преимущество в определении любого из двух индексов как уникальных или лучше, если они не уникальны?
Да, но очень маленький. Уникальный индекс может быть уже, поэтому на каждой нелистовой странице может поместиться больше ключей.
Неуникальный индекс имеет локатор строк (столбцы кластеризованного индекса или идентификатор строки), добавленный к столбцам ключа индекса. Для уникального индекса указатель строк присутствует только на конечных страницах.
Вам, вероятно, следует сделать один из этих индексов кластеризованным индексом, возможно, со сжатием ROW или PAGE, или сделать таблицу кластеризованным хранилищем столбцов.