Похоже, вам следует написать средство выбора приложения и зарегистрировать его в procooll «example: //».
Windows 10, похоже, имеет концепцию наличия нескольких потенциальных Приложения для каждого расширения и протокола. Но как только у него есть «один для использования по умолчанию», он больше не будет запрашивать выбор. Только такие вещи, как «Открыть с помощью» по-прежнему будут спрашивать, какой из кандидатов использовать.
Это не имеет ничего общего с WPF. Маловероятно, что даже будет иметь значение, если вы используете ассоциацию протоколов или расширений файлов. Это полностью проблема ОС.