У меня нет большого опыта работы с Amplify, но я использовал AppSyn c с Serverless. Я поддерживаю схему (используя более чистый формат SDL) под контролем версий в репо, а сценарий CI загружается в S3, а затем обновляю AppSyn c через Cloudformation (встроенный в serverless.yml).
The * Ресурс 1003 *AWS :: AppSyn c :: GraphQLSchema позволяет использовать встроенную схему (не очень чистую) или опускание с S3. Наличие отдельного файла также позволяет тестировать локально и лучше отслеживать изменения / дрейф.