Мне нужно заполнить numpy.ndarray, который считает votes (для вычисления корреляций), так что это похоже на заполнение двухмерной гистограммы:
for y in range(height):
for x in range(width):
votes[array1[y,x], array2[y,x]] += 1
Самый быстрый способ сделать это, потому что реализовано таким образом, это требует времени.
[Edit]: Numba не является вариантом, поскольку он не поддерживает двойную индексацию, например votes[array1[y,x], array2[y,x]]