Развертывание нескольких служб (приложений AKA), которые разделяют между собой некоторые logi c в одном кластере / пространстве имен, на самом деле является наилучшей практикой. Я не уверен, почему вам это сложно, но вы можете взять платформу оркестратора контейнеров, такую как Kubernetes, и развернуть столько приложений, сколько захотите - в том же проекте в том же кластере.
Я бы рекомендовал получить в облачную платформу, которая обслуживает оркестратор контейнеров, такой как Google Container Engine или Google Cloud Platform (или любую другую облачную платформу, которую вы хотите), и начните исследовать ее. Вы также можете прочитать о контейнерах в целом или Kubernetes .
Итак, практически говоря, я бы, вероятно, создал MongoDB и приложение express в одном пространстве имен (и любая другая служба или приложение, связанное с проектом в другом контейнере в том же пространстве имен).