Не уверен, сталкивался ли кто-нибудь с этой проблемой раньше, но кажется, что mapbox потерял точность при импорте точек из KML. Это одни и те же файлы KML, загруженные слева и справа, и различия действительно очевидны.
Оказывается, mapbox не может обрабатывать большое количество полилиний. Когда я разбиваю на 2 файла, он отлично работает.