Комбинированная команда:
ffmpeg -i input.mkv -filter_complex "[0:v]setpts=0.94*PTS[v];[0:a]atempo=1.06,asetrate=44100*1.25[a]" -map "[v]" -map "[a]" output.mkv
Хотя я предполагаю, что вы хотите сбросить частоту дискретизации звука с 55125 обратно на 44100:
ffmpeg -i input.mkv -filter_complex "[0:v]setpts=0.94*PTS[v];[0:a]atempo=1.06,asetrate=44100*1.25,aformat=sample_rates=44100[a]" -map "[v]" -map "[a]" output.mkv
В качестве альтернативы просто добавьте параметр вывода -ar 44100
к первому примеру.