Вы сможете увеличить расстояние между столбиками, не уменьшая их, если вы увеличите ширину графика . без него нет дополнительного места для их перемещения, поэтому полосы по умолчанию станут тонкими.
В примере , который вы упомянули сверху, у вас есть параметры ширины и высоты, увеличьте ширину и затем заполнение. Например,
width = 800 - margin.left - margin.right,
height = 300 - margin.top - margin.bottom;
....
// Add X axis
var x = d3.scaleBand()
.domain(groups)
.range([0, width])
.padding([0.2])
svg.append("g")
.attr("transform", "translate(0," + height + ")")
.call(d3.axisBottom(x).tickSize(0));
//subgroups
var xSubgroup = d3.scaleBand()
.domain(subgroups)
.range([0, x.bandwidth()])
.padding([0.2])
Рабочий пример - https://codepen.io/puneet2412/pen/GRpQKzQ
Затем вы можете попробовать изменить отступы в соответствии с вашими требованиями.