Потому что Java-апплеты используют обычные / медленные 2D-возможности вашей графической карты. Тот факт, что стек большой / сложный, ОС -> Браузер -> Java VM -> Ваше приложение также не помогает.
Flash-приложения по умолчанию используют 3D-ускорение за кулисами, поэтому они не страдают от этой проблемы, поскольку подключаются непосредственно к вашей 3D-карте (в обход холста браузера).
Вы также можете попробовать запустить Java2D / апплеты, используя 3D-ускорение, но тогда вы потеряете совместимость, которую предлагает платформа Java (независимость от ОС).
http://java.sun.com/j2se/1.5.0/docs/guide/2d/new_features.html