На уровне контроллера я использовал [ValidateInput(false)] и ValidateRequest="false" в представлении.
[ValidateInput(false)]
ValidateRequest="false"
Все нормально, кроме CKEDITOR, удаляющего теги <%%>.
Есть ли какая-либо другая конфигурация, которую мне не хватает?
Чтобы CKEditor не удалял содержимое, настройка protectedSource сделает то, что вам нужно. Руководство и примеры
protectedSource