Создавать новые файлы в bash l oop на основе имени переменной

Question

Я новичок в среде bash. У меня есть for loop, который выполняет итерацию файлов в папке. Инструкции l oop предназначены для обработки этих файлов и сохранения их в уже существующей папке (которая находится внутри рабочего каталога), переименовывая этот сохраненный файл как входной. Вот код:

for file in '$DIR'*.f* #take just the fasta files
    do command.py $file > $DIR/'translated'/$file
done

Но вывод следующий:

File or directory not existing

Как я могу решить эту проблему?

Answer 1

Я получил решение, используя относительные пути. Вот решение.

cd $DIR
mkdir ./new_folder
for file in *.f*
do 
    command.py $file > $file.modified
    mafft --auto *translated > $file.mafft
    mv *.modified ./new_folder
done