Когда вы внимательно рассматриваете учебник, на который вы ссылаетесь, там не упоминается об установке чего-либо глобально с помощью pip.
Вместо этого автор учебника использует лучшие практики и создает виртуальную среду сначала.
На это есть как минимум две веские причины:
Итак, обязательно следуйте инструкциям и сначала создайте виртуальную среду.
Автор делает это таким образом
$ virtualenv --python=python3 hitme
Затем активируйте его точно так, как описано.
Тем не менее, вы, безусловно, можете поместить свое приложение flask в /var/www
, но это просто предпочтение автора. Вы также можете поместить его, например, в подпапку вашего домашнего каталога.