В те дни, когда я переупаковывал программное обеспечение для корпоративного распространения, я, безусловно, делал исправления, преобразования и обновления версий такими же методами, как вы описали, без проблем. Однако я не помню, заменял ли я когда-нибудь двоичный файл только через двоичную таблицу ...
Вместо этого я обычно использовал MSIDB.EXE для извлечения файлов или CAB, затем добавил свои изменения, а затем повторно импортировал файл (ы). Здесь есть подробные инструкции , хотя вам, вероятно, не понадобится больше, чем синтаксис для программы MSIDB.EXE , чтобы сделать это самостоятельно.
Я не могу придумать причину, по которой ваш метод импорта всей двоичной таблицы может вызвать проблемы, если вы заменяете только существующий файл. Но для дальнейшего использования, вы можете найти вышеописанную технику более быстрой и простой.