Устранение шаблонов идентификации в seqnames объектов SingleCellExperiment с использованием R

Question

У меня есть объект SingleCellExpression, на котором я пытаюсь выполнить контроль качества. Виньетка, за которой я следую, советует использовать следующий код для идентификации митохондриальных генов:

> location <- rowRanges(object)
> is.mito <- any(seqnames(location)=="MT")

Я проверил, и все имена митохондриальных генов в моем объекте начинаются с «mt-» (например, «mt -nd1 "), а первые несколько элементов в seqnames (location) действительно содержат следующие названия генов:

> seqnames(location)[1:10]
RleList of length 10
$`si:ch73-252i11.3`
factor-Rle of length 0 with 0 runs
  Lengths: 
  Values : 
Levels(0): 

$syn3
factor-Rle of length 0 with 0 runs
  Lengths: 
  Values : 
Levels(0): 

$ptpro
factor-Rle of length 0 with 0 runs
  Lengths: 
  Values : 
Levels(0): 

$eps8
factor-Rle of length 0 with 0 runs
  Lengths: 
  Values : 
Levels(0): 

Желаемый результат - именованный логический вектор с символами генов (например,« eps8 » ) в качестве имен и «ИСТИНА», указывающее на митохондриальный ген (содержащий «МТ»), который он продуцирует, но не идентифицирует митогены:

    > location <- rowRanges(object)
    > is.mito<- any(seqnames(location)=="mt")
    > head(is.mito)
si:ch73-252i11.3             syn3            ptpro             eps8             tbk1            gpr19 
           FALSE            FALSE            FALSE            FALSE            FALSE            FALSE 
    > is.mito[19009]
    mt-nd1 
     FALSE 

Я пробовал перестановки паттерна в any(), если он чувствителен к регистру, но все еще нет кубика. Есть идеи, что я делаю не так? Объект sce создан из преобразованного объекта Seurat. Может ли это вызывать проблемы? Любая помощь с благодарностью!

Изменить: я запускаю пакеты Seurat и SingleCellExperiment, виньетка, за которой я следую, находится здесь https://osca.bioconductor.org/quality-control.html