Это в основном предпочтение, но возможно, что SQLAlchemy может (или уже сделала?) Отказаться от Core в какой-то момент в будущем. (Думаю, они намеренно двусмысленны)
Если вы в основном используете необработанные sql, кажется, что SQLAlchemy проще и проще реализовать.
Если вы хотите возиться весь день с моделями, схемами, классами, модельными сериализаторами и абстрагироваться от всего и никогда больше не иметь дело с необработанными операторами запросов, вам, вероятно, следует go с ORM. Но я думаю, что это слишком много работы, особенно если вы все равно хорошо владеете языком sql.