Вы можете использовать az storage file delete-batch, укажите --pattern с *, тогда он удалит все файлы в --source, в вашем случае, если вы хотите удалить все файлы из общего файлового ресурса просто укажите --source с именем общего ресурса.
Примечание : команда просто удаляет файлы, кроме каталогов.
az storage file delete-batch --account-key 'xxxx' --account-name 'joystoragev2' --pattern * --source 'share1'