Индексы действительно помогают в диаграммах, но только если диаграмма содержит фильтры. Если отфильтрованные поля проиндексированы, MongoDB намного эффективнее при поиске соответствующих документов. Если вы не используете фильтры в своих диаграммах, индексы вообще не помогут.
100K документов, вероятно, больше, чем каждый человек собирается просмотреть. Подозреваю, что лучше всего было бы ограничить количество возвращаемых документов. Прямо сейчас для табличных диаграмм нет опции Limit Results (она скоро появится), но вы можете сделать это самостоятельно, введя конвейер в строке запроса с этапами $ sort и $ limit.